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GROMACS

GROMACS 是一种分子动力学应用程序，可以模拟具有数百至数百万个粒子的系统的牛顿运动方程。GROMACS旨在模拟具有许多复杂键合相互作用的生化分子，例如蛋白质，脂质和核酸。

注意事项：

  • 脚本命令里tpr_file_name需要替换为用户对应得tpr输入文件名称，如用户上传了md_100.tpr文件至/home/cloudam/test/目录，则上述tpr_file_name需要写为md_100。

  • 如要选择GPU机型（选择单卡的机型）提交作业，需选择带有cuda或CUDA关键字的软件版本，否则只会利用到GPU机器的CPU核心进行计算，导致作业运行速度变慢。

一. 模板提交​

Step 1. 在应用中心搜索gromacs软件，申请后请联系客服同意，部分软件无需申请即可提交作业；

Step 2.选择GROMACS可视化模板

Step 3. 点击输入文件列表，必须只能包含一个tpr文件，软件版本包含CPU及GPU版本，选择对应的版本；

Step 4. 选择硬件配置；

  • 节点数量：设置启动多少个并行计算的计算节点。

  • 内存配比：设置各个计算节点内存大小为单节点核心数×内存配比。

Step 5. 查看作业内容汇总，并提交作业；

Step 6. 通过作业管理查看运行中的作业；

二. 命令行提交​

Step 1. 通过SSH连接创建并连接管理节点；

Step 2. 创建作业目录并进入；

mkdir gromacsJob1
cd gromacsJob1

Step 3. 将运行gromacs需要的相关文件上传到该文件夹下，详情请查看Linux数据传输；

GPU版GROMACS作业示例​

Step 1. 在该文件夹下创建如下执行脚本gromacs.sh：

#!/bin/bash
module add GROMACS/2024.3-foss-2023b-CUDA-12.4.0-PLUMED-2.9.2   #加载软件
export GMX_GPU_DD_COMMS=true     
export GMX_GPU_PME_PP_COMMS=true
export GMX_FORCE_UPDATE_DEFAULT_GPU=true

#生成tpr格式输入文件，如果已有tpr格式文件则不需要写
#gmx grompp -f pme.mdp -c conf.gro -p tpr_file.top -o tpr_file_name.tpr

gmx mdrun -v  -pin on -nb gpu -bonded gpu -pme gpu -cpi tpr_file_name -deffnm tpr_file_name

Step 2. 使用slurm命令提交到计算节点；

sbatch -N 1 -p g-v100-1 -n 10 -c 1 gromacs.sh

CPU版GROMACS作业示例​

Step 1. 创建执行脚本：

#!/bin/bash
module add GROMACS/2024.3-foss-2023b-CUDA-12.4.0-PLUMED-2.9.2   #加载软件
mpiexec -v -mca btl_tcp_if_include eth0 gmx_mpi mdrun -v  -cpi tpr_file_name -deffnm tpr_file_name

Step 2. 提交作业；

2个4核心节点启动8个并行任务。

sbatch -N 2 -p c-4-1 -n 8 -c 1 gromacs.sh

查看作业运行情况及参数详细介绍请参考slurm命令。

结果文件下载请查看Linux数据传输。

点击下载以上作业样例:GROMACS.zip。

GROMACS续跑​

意外中断后续跑，在gromacs.sh中最后一行的命令改为

gmx mdrun -v  -pin on -nb gpu -bonded gpu -pme gpu -s tpr_file_name.tpr -cpi tpr_file_name.cpt -deffnm tpr_file_name