命令行提交

命令行提交用的是slurm命令集群调度系统，通过脚本形式提交任务至一个或多个计算节点，进行并行计算，可使用mpi或openmp并行。如果您在其他超算平台使用过对应的脚本，需要提供给技术工程师修改为适用于北鲲云超算平台的脚本。

一. 操作步骤

Step 1. 通过SSH连接启动一个管理节点，并连接进入管理节点；

Step 2. 提供文件传输上传输入文件，如何上传文件请点击查看Linux数据传输；

Step 3. 查看SLURM集群所支持的partitions(分区)；

sinfo

Step 4. 查询和加载软件，更多软件的加载，请点击查看加载预装软件；

module avail        #查看全部
module spider xxxx  #快速查找
module add  xxxx    #加载

Step 5. 创建提交脚本，参照gromacs运行脚本：su.sh

#!/bin/bash
module add GROMACS/2021-gromacs-cpu-new
mpiexec -v  gmx_mpi mdrun -v  -cpi tpr_file_name -deffnm tpr_file_name

Step 6. 使用sbatch提交到计算节点，参数详细介绍请查看slurm命令；

sbatch -N 2 -p c-4-1 -n 8 -c 1 su.sh

Step 7. 查看SLURM集群正在运行的作业；

squeue

Step 8. 连接计算节点执行top查看CPU使用情况；

ssh c-4-1-worker0001    #连接计算节点
top                     #查看任务管理器
exit                    #退出计算节点

Step 9. 查看运行作业详细信息；

scontrol show jobs

Step 10. 取消程序运行，释放分配的计算节点（作业执行成功或失败计算节点会自动释放）；

scancel JOBID

Step 11. 如何下载结果文件，请点击查看Linux数据传输；