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RoseTTAFold

RoseTTAFold 由华盛顿大学 David Baker 团队开发，利用深度学习技术准确、快速地预测蛋白质结构。

注意事项：

  • 运行 RoseTTAFold 需要丰富的GPU资源，需要在通用二区使用。
  • 输入文件是以 .fasta 格式结尾的序列文件。
  • 输入文件名不能有特殊符号和空格。
  • 提交的文件第一行为标题，第二行为序列，序列为大写字母，序列之间不能有空格或换行符。

输入文件示例：

>sequence_1
GSDNGFGSSKATSGSDFGGLAIFDGSGSEHFGHSDTHGSFDGLFGVDFZILSQQLKS

一. 模板提交​

Step 1. 选择通用二区，在应用中心搜索RoseTTAFold软件，部分软件无需申请及可提交作业；

Step 2.选择可视化模板提交；

Step 3. 上传序列文件（.fasta格式），选择运行模式；

Step 4. 选择GPU硬件配置虎鲸1卡（v100-1）；

Step 5. 查看作业内容汇总，并提交作业；

Step 6. 通过作业管理查看运行中的作业；

二. 使用PyMOL对结果进行图形化展示​

Step 1. 应用中心搜索PyMOL；

Step 2. 点击提交作业，选择图形界面提交；

Step 3. 启动PyMOL，选择硬件配置并启动；

Step 4. 通过VNC连接启动的linux工作站，使用软件；