Amber

Amber是著名的分子动力学软件，用于蛋白质、核酸、糖等生物大分子的计算模拟。Amber也指一种经验力场(empirical force fields)。

注意事项： Amber 为商业软件，无法在应用中心直接搜索使用，需要向软件厂商购买授权使用，如需使用集群上的 Amber，需要向销售经理充分沟通，并附上购买 Amber 的许可证明。

一. 模板提交

Step 1. 在应用中心搜索Amber软件，申请后请联系客服同意；

Step 2.选择可视化模板提交；

Step 3. 点击输入文件列表上传文件；

Step 4. 选择硬件配置；

• 节点数量：设置启动多少个并行计算的计算节点。

• 内存配比：设置各个计算节点内存大小为单节点核心数×内存配比。

Step 5. 查看作业内容汇总，并提交作业；

Step 6. 通过作业管理查看运行中的作业；

二. 命令行提交

通过SSH连接创建并连接管理节点。

CPU版 Amber 作业示例

Step 1. 创建作业目录并进入；

mkdir amberJob1
cd amberJob1

Step 2. 通过文件传输上传所需的输入文件，详情请查看Linux数据传输；

Step 3. 在该文件夹下创建如下执行脚本amber.sh：

#!/bin/bash
source /public/software/.local/easybuild/software/amber/aber20/amber.sh
ulimit -s unlimited
ulimit -l unlimited
mpiexec -np 8 pmemd.MPI -O -i  initial.in  -p standard.prmtop -c initial.rst -ref initial.rst

Step 4. 提交作业；

2个4核心节点启动8个并行任务。

sbatch -N 2 -p c-4-1 -n 8 -c 1 amber.sh

查看作业运行情况及参数详细介绍请点击查看slurm命令。

结果文件下载请查看Linux数据传输。

GPU Amber 作业示例

根据官方建议是一个任务使用一个gpu, 一个节点如果有多个gpu的话，可以跑多个任务，一个任务使用多个gpu没有加速作用

Step 1. 创建作业目录并进入；

mkdir amberJob1
cd amberJob1

Step 2. 通过文件传输上传所需的输入文件，详情请查看Linux数据传输；

Step 3. 在该文件夹下创建如下执行脚本amber.sh：

#!/bin/bash
module add Amber/22.0-foss-2021b-AmberTools-22.3-CUDA-11.4.1
ulimit -s unlimited
ulimit -l unlimited
mpirun pmemd.cuda -O -i sander.in7 -o sander.out7 -p prmtop -c mdrest6 -r mdrest7 -x mdcrd7 

Step 4. 提交作业；

使用GPU v100一卡启动8个并行任务。

sbatch -N 1 -p g-v100-1 -c 10 --gres=gpu:1 amber.sh

查看作业运行情况及参数详细介绍请点击查看slurm命令。

结果文件下载请查看Linux数据传输。